小学生小樱清本（由小樱丹霞配音）是一个普通的女孩，她有一个温柔的父亲藤次清（由田中秀吉配音）和一个体贴的朋友Toshi Tokuji（由岩野润子配音）。有一天，在她父亲的书房里，她发现了一本封存已久的魔法书，不小心揭开了上面的封印。
某日，在同MU激烈交火之时，一位名为神名绫人（下野紘 配音）的平凡少年意外的来到了位于东京湾的地下神殿之中，在这里，绫人见到了巨型机器人“Rahxephon”，并且成为了它的驾驶者。 在神秘女子的紫东遥（久川绫 配音）的带领下，绫人来到了防护壁之外，加入了TERRA，并且在那里遇见了名为如月久远（桑岛法子 配音）的女子。MU组织对TERRA发起了进攻，当TERRA的存亡陷入危机之中时，绫人再一次驾驶着Rahxephon，成为了这个组织的救世主。
